Racen er meget gammel, og der findes beviser på, at racen går så langt tilbage som til 1000 e.Kr. Racens oprindelse er Bøhmen, Tjekkiet og Slovenien.
Prazsky krysarik betyder ”Rottejægeren fra Prag”.

Flere Prazsky krysarik er i tidens løb blevet givet som gaver af de Böhmiske konger til andre kongelige og adelige familier rundt omkring i Europa. Da Böhmen efter 1620 forsvandt som selvstændig stat, blev det næsten racens undergang. Racen overlevede hos den almindelige mand enten som nyttehund eller blot som selskabshund.

I begyndelsen af 1900'erne var racen næsten forsvundet. På udstillinger blev hunde af denne type diskvalificeret, da de blev bedømt efter standarden på dværgpinscher, og dermed var de alt for små og utypiske. Der blev forsøgt lavet et avlsarbejde for at redde racen, men anden verdenskrig kom ind imellem, og avlsarbejdet mislykkedes.
I 1980 genoptog man arbejdet med at genskabe racen, og denne gang lykkedes det. Antallet af individer af racen stiger stadigt.